Сегозеро расположено в средней части Карелии, относится к бассейну Белого моря. В 1957 г. озеро Сегозеро превращено в водохранилище площадью 815 кв. км, свыше 70 островов. Площадь озера до создания водохранилища составляла 753 кв. км (с островами), глубина до 97 м. Сегозеро - глубоководный водоем. Максимальная глубине его 97 м, средняя 23,3 м.
Берега разнообразны: от высоких, скалистых до низких, заболоченных. Преобладают берега возвышенные, каменистые, почти сплошь покрытые хвойным лесом.
Основные притоки - реки Селецкая и Сона (Волома). Из северо-восточной части озера вытекает р.Сегежа, протекающая через Линдозеро и впадающая в Выгозерское водохранилище. Значительно слабее притоки, впадающие в южные губы озера.
Сегозеро - холодноводный водоем. Ледостав наступает обычно в декабре, вскрытие - в мае.
В Сегозере обитают 17 видов: лосось, палия, ряпушка, сиги, хариус, щука, плотва, язь, гольян, уклея, лещ, налим, девятииглая колюшка, окунь, ерш, бычок-рогатка, подкаменщик.