Озеро расположено в северной Карелии иявляется одним из крайних звеньев бассейна р.Ковды, впадающей в Белое море. Площадь водной поверхности 986 кв. км, общая площадь (с островами) 1049 кв. км. Топозеро по величине занимает четвертое место среди озер Карелии. Наибольшая длина 75,3 км, наибольшая ширина 30,3 км. Число островов 144, площадь островов 63 кв. км. Береговая линия очень извилистая; ее длина по материку 545 км, с островами 838 км.
Топозеро представляет собой водоем неправильной формы, вытянутый в общем направлении с северо-запада на юго-восток. Разделяется на две большие части: северную, основную с широким плесом, и юго-восточную, значительно меньшую по площади, сильно удлиненную и суженную. К озеру причленяется ряд больших и малых заливов, часто обособленных от озера (Ламбашгуба, Кестеньгский залив, Лохгуба и др.); имеется много крупных и мелких островов, расположенных большей частью в южной половине озера. Побережье умеренно возвышенное, каменистое, покрыто хвойным лесом; местами встречаются скалистые берега, а также низкие заболоченные.
Речная сеть озерного бассейна развита слабо. Из 28 притоков наиболее значительны западные притоки - Кизрека и Валасрека, длина которых, однако, не превышает нескольких десятков километров; остальные притоки - небольшие речки и ручьи, вытекающие из малых озер и болот. Из северо-западной части озера вытекает р.Софьянга, впадающая в Пяозеро; кроме того, небольшая часть вод поступает в бассейн р.Поньгомы через короткий проток, расположенный в юго-восточном конце Топозера. Водообмен озера очень замедленный. Среднегодовые колебания уровня воды составляют 35 - 40 см, наиболее значительные - 75 см. В озере наблюдаются главным образом ветровые течения, но в отдельных районах между островами существуют и независимые от ветра течения.
Топозеро - глубокий водоем. Средняя глубина 15,2 м, наибольшая глубина 56 м. Рельеф дна сильно пересеченный, характеризуется наличием многочисленных повышений дна (луды, кряжи, гряды) и понижений (впадины, ямы); местами встречаются участки со сравнительно ровным дном.
По термическому режиму Топозеро относится к холодноводным водоемам. Озеро вскрывается ото льда обычно во второй половине мая, реже в начале июня. В открытом озере летом поверхностные температуры достигают 16 - 18o. Озеро замерзает во второй половине ноября, реже в начале декабря.
В Топозере обитает 16 видов рыб: лосось, палия, ряпушка, сиг, хариус, корюшка, щука, плотва, гольян, лещ, налим, окунь, ерш, колюшка девятииглая и подкаменщик. Промысловое значение имеют ряпушка, сиги, палия, лосось, хариус, корюшка, язь, плотва, щука, окунь и налим.