Озеро находится в юго-западной части Карелии, севернее озера Большое Янисъярви, с которым связано проливом. Относится к бассейну Ладожского озера.
Площадь водной поверхности 29,4 кв. км, общая площадь (с островами) 30,3 кв. км. Наибольшая длина 19,7 км, наибольшая ширина 2,5 км. Островов 15, площадь островов 0,9 кв. км.
Малое Янисъярви представляет собой длинный узкий водоем, изогнутый почти под прямым углом и вытянутый в направлении с северо-запада на восток. Озеро имеет несколько довольно значительных заливов, разделяется островами и сужением береговой линии на северную, среднюю и восточную части. Берега озера возвышенные, каменистые и каменисто-песчаные, большей частью покрыты лесом.
В северный конец озера впадает наиболее значительный приток - р.Янисъйоки, вытекающая с территории Финляндии; в восточную часть озера поступают воды из рек Соанъйоки и Вельяккайоки. Кроме того, в озеро впадают три небольших речки и несколько ручьев.
Средняя глубина 7,2 м, наибольшая глубина 22 м. Прозрачность воды 1,8 - 2,0 м (август). Цвет воды темно-желтый с красноватым оттенком. Озеро Малое Янисъярви является водоемом с довольно хорошо прогреваемой водной массой, чему способствует повышенная проточность озера. В августе в толще воды до 12 м глубины (около 90% объема водной массы) наблюдаются температуры не менее 17 градусов.
В Малом Янисъярви так же, как и в Большом Янисъярви, усчитывается до 14 видов рыб: лосось, ряпушка, сиг, корюшка, щука, плотва, язь, лещ, уклея, гольян, угорь, налим, окунь, ерш. Главные промысловые рыбы - окунь, плотва, ряпушка, сиг, налим, щука, язь.