Находится в Кондопожском районе. Площадь водной поверхности - 84,8 кв. км. Наибольшая длина - 18,6 км, наибольшая ширина - 9,4 км. На озере находится около 30 островов с общей площадью 19,2 кв. км. Острова достигают значительных размеров (о-в Большой длиной до 7 км, о.Сенег до 4 км). Длина береговой линии по материку 56 км, с островами 100,8 км.
Форма озера трехлопастная. Имеется три больших залива: губы Кяппесельгская, Викшезерская и Южная. Общий характер окружаюшей местности равниннонизменный близ озера и холмистый в окрестностях. Высокие и крутые берега имеются лишь в немногих местах. Большая часть берега покрыта лесом; кустарниковые заросли, пашни и луга подходят к озеру лишь в отдельных участках.
Побережье преобладает каменистое, но есть и песчаные отмели, во многих местах имеются торфяники и заболоченные участки. С северо-восточной стороны в озеро впадает р.Ялгамка, берущая начало из лесного безымянного озерка. С ней соединяется р.Шайдомка, вытекающая из Шайдомского озера. С севера в Лижмозеро впадают две небольших речки: Сордия и Паласельгская, а с северо-запада р.Верхняя Лижма. С юго-западной стороны в Пороштгубу впадает р.Порошт, вытекающая из Пороштозера. Из Кяппесельгской губы Лижмозера вытекает р.Средняя Лижма, которая, проходя через Кедрозеро, впадает в губу Йоргу (Лижемскую) Онежского озера.
Озеро мелководное. Около 60% площади занимают глубины до 5 м, на глубины свыше 10 м приходится только 0,4%. Средняя глубина 4 м, максимальная 12 м.
Лижмозеро хорошо прогреваемый водоем. Поверхностная температура воды в некоторые годы достигает в июле - августе 26 градусов.
Главные промысловые рыбы: ряпушка, плотва, окунь, лещ и щука, второстепенное значение имеют форель, сиг, корюшка, язь, уклея, ерш и налим.