Шотозеро находится в южной части Карелии, входит в систему р.Шуи и является водоемом с повышенной проточностью.
Площадь водной поверхности Шотозера 74,04 кв. км. Общая площадь озера (с островами) 74,4 кв. км. Наибольшая длина 15,6 км, наибольшая ширина 7,2 км. На территории озера насчитывается 43 острова, площадь которых составляет 0,36 кв. км.
Береговая линия малоизвилиста. Шотозеро имеет овальную форму. Крупных заливов нет, имеются только небольшие губы (до 10). Острова мелкие, не превышают 4,5 га; 36 островов расположены группами вдоль береговой линии. Берега Шотозера, в основном, сложены моренными отложениями, на небольших по протяжению участках - коренными породами (район впадения р.Шуи) и ленточными глинами (район д.Салменицы). Преобладают отлогие, низкие берега. Побережье Шотозера густо поросло лесом: на южном - ель и смешанный лес, на северном - сосна и смешанный лес. Около населенных пунктов (Салменица, Новые Пески, Шомба) луга и пашни.
Шотозеро расположено в средней части р.Шуи, впадающей в Онежское озеро. Водосборная площадь, замыкаемая Шотозером, составляет 5548 км.
Средняя глубина озера - 3,1 м, наибольшая - 10,1 м. Наибольшие глубины расположены в центральной части озера (две глубоководные впадины тектонического происхождения). В летний период вся масса воды Шотозера прогревается от поверхности до дна. Вдоль береговой линии и около устьев рек и речек встречаются заросли тростника, камыша, рдеста, кувшинки, кубышки, гречихи земноводной.
В Шотозере обитает 16 видов рыб. Главные промысловые рыбы - судак, лещ, щука, второстепенные - окунь, плотва, ерш, ряпушка, сиг, налим, язь; непромысловые - елец, уклея, синец, голец, сом, подкаменщик.