По своим архитектурным и художественным достоинствам Покровская церковь, типичный представитель северного зодчества XVIII века, - один из лучших памятников подобного типа. Высокие композиционные достоинства церкви не затмевают влияние канонических начал официального православия. Дата строительства церкви неизвестна, однако ее окончательный облик сложился к 1764 г.
Внешне Покровская церковь совершенно иная, чем ее величественная соседка. Строение вытянулось по земле длинным прямоугольником и состоит из нескольких смежных четырехгранных срубов - "четвериков". Один из них высоко поднят над другими; на него поставлен восьмигранный сруб - "восьмерик".
"Восьмерик на четверике" - это наиболее распространенный традиционный тип северных деревянных церквей XVIII в. По традиции такую церковь должен венчать шатер. Однако очевидно, что под его тяжестью облик церкви станет тяжелее и приземистее. К тому же, силуэт шатра перечеркнет силуэт Преображенской церкви. Строители, почувствовав возможное несоответствие, отошли от традиции и заменили шатер короной из 10 главок. Благодаря этому верх Покровской церкви оказался как бы парящим в воздухе, а силуэты двух церквей слились в единый архитектурный аккорд.
Во всех древних церквях трапезная занимала господствующее положение. В Покровской церкви она уменьшена, а объем алтарного прируба увеличен, от чего здание утратило пластическое сочетание разновеликих объемов и вытянулось в несколько унылый прямоугольник
Покровская церковь, также, как и Преображенская, построена по "золотому" правилу плотников - "польза, прочность, красота". Вся конструкция церкви, как и ее декоративное убранство, направлена на то, чтобы защитить основу сооружения - сруб - от атмосферных осадков. Верхние венцы четверика и восьмерика расширяются, образуя повал, чтобы вынести подальше от стен концы кровли. Под главками устроены воротнички - "слезники", с которых на нижнюю кровлю капают дождинки. И даже фронтонный пояс, охвативший как ожерелье, столп восьмерика, является не только украшением, но и элементом общей системы водопровода: из каждого фронтона отходит маленький желобок для отвода от бревен косых струй дождя.
В конце XVIII - начале XIX вв. церковь "поновили", обшив стены тесом, покрыв кровельным железом. Изнутри на бревенчатые поверхности легла штукатурка. Окна расширили на манер городских оконных проемов.
Невычурно и просто внутреннее пространство церкви - просторное помещение, резные широкие лавки вдоль стен, иконостас. К сожалению, живопись церкви не сохранилась, поэтому иконостас был собран из икон других церквей.
Существующий ныне облик церкви был восстановлен в ходе реставрации 1950 - 1959 гг. Тогда была снята тесовая обшивка, заменена кровля.
Колокольня Кижского ансамбля построена на месте древней разрушившейся шатровой колокольни. Звонница колокольни окружена балюстрадой и увенчана высоким шатром с главкой. Она поднята на такую высоту, что с нее открывается фантастические картины карельской природы Заонежья.