Большое Янисъярви расположено в юго-западной части Карелии и относится к бассейну Ладожского озера. Площадь водной поверхности равна 174,9 кв. км, общая площадь (с островами) составляет 176,4 кв. км. Наибольшая длина 18,2 км, наибольшая ширина 15 км. Число островов 43.
Озеро имеет овальную форму, несколько вытянуто с севера на юг. С западной стороны с озером широко соединяются два больших залива: Киркколахти и Контиолеппялахти, с южной два залива: Ораванниеменлахти и Ульмалахти. Острова расположены вблизи берегов, кроме трех обособленных, находящихся в центральной части Большого Янисъярви. Берега преимущественно каменистые, возвышенные, большей частью покрыты лесом; местами встречаются скалистые берега.
Водосборная площадь озера 3650 кв. км. В Большое Янисъярви поступают воды из расположенного севернее озера Малое Янисъярви через короткий и неширокий пролив Луопауссалми с глубинами не свыше 2 м. Кроме того, в озеро впадает не менее 20 небольших речек и ручьев (Келокоски, Леппяоя, Ульмасенъйоки и др.), вытекающих из болот и озер. В южном конце из озера вытекает порожистая р.Янисъйоки (Ляскелянъйоки), впадающая в Ладожское озеро.
Озеро Большое Янисъярви - довольно глубокий водоем; средняя его глубина 11,6 м, наибольшая - 57 м. Озерная котловина состоит из двух основных впадин, расположенных в северной и южной частях озера. Впадины разделяются довольно узким подводным кряжем с находящимися на нем в центральной части водоема островами Исоселькясаари, Пиениселькясаари, Хопеасаари и др. Глубины на кряже менее 10 м.
В Большом Янисъярви обитает 14, видов рыб: лосось, ряпушка, сиг, корюшка, щука, плотва, язь, лещ, уклея, гольян, угорь, налим, окунь, ерш. Основные промысловые рыбы: ряпушка, сиг, окунь, налим, щука. Лосось и угорь встречаются редко.