Система расположена в 18 км к северо-западу от Петрозаводска и вытянута в этом же направлении на 40 км. Озера по отношению друг к другу расположены с небольшим уступом, между собой соединяются короткими, в сотню-другую метров, протоками и через такой же проток выливаются в реку Шую.
Берега озер довольно высокие, преимущественно каменистые или скалистые, но имеют и небольшие песчаные пляжи, покрыты в основном хвойным лесом. Это любимая зона отдыха петрозаводчан.
Пертозеро, верхнее звено системы, вытянуто на 16 км при ширине до 2 км. Озеро довольно глубокое - до 37 м. На его глади насчитывается 10 островов, а в водах 14 видов рыб. На восточном берегу, в окружении соснового бора, расположен санаторий "Кивач", а в 10 км на северо-запад - первый российский курорт "Марциальные воды".
Пертозеро является одним из старейших водохранилищ. Оно создано для нужд Кончезерского металлургического завода, построенного в 1707 г. Уровень воды в Пертозере был поднят на несколько метров и с тех пор остается без существенных изменений, за исключением резкого падения в результате прорыва земляной дамбы в 1892 г.
Берега озера возвышенные, в основном каменистые и скалистые, местами, встречаются каменисто-песчаные и песчаные. В южной части озера, вблизи пертозерского протока, берега низменные, заболоченные. Побережье покрыто лесом (сосна, ель, береза, ольха, осина и др.); имеются луга и пашни. В северную часть озера впадает небольшой ручей, вытекающий из лесного озерка. В южную часть озера впадают р.Мунозерка, несущая воды из Мунозера и Долгой Ламбы и речка Габозерка (Габручей), вытекающая из озера Габозера.
Пертозеро сравнительно глубокий водоем. Средняя глубина 10 - 12 м при наибольшей 37 м.
В Пертозере встречаются 14 видов рыб: ручьевая форель, озерный сиг, корюшка, щука, плотва, красноперка, уклея, окунь, ерш, голец, щиповка, налим, трехиглая колюшка и подкаменщик. Только 4 вида: сиг, щука, плотва и окунь — в настоящее время используются промыслом; 4 вида: корюшка, уклея, ерш и налим, хотя также многочисленны, вылавливаются в весьма небольшом количестве. Красноперка обитает, по-видимому, в очень небольшом числе; случайно, в виде единичных экземпляров, встречается ручьевая форель. Щиповка, голец, подкаменщик и колюшка промыслом не используются и численность их весьма невелика.
Среднее озеро, Кончезеро, вытянуто на 22 км при ширине до 3 км. Длинная цепь из 108 островов, идущая по оси водоема, разделяет его на две впадины, глубиной до 20 м. Кончезеро представляет собой длинный, узкий водоем, вытянутый в направлении с северо-запада на юго-восток. Озеро разделяется цепью островов, расположенных по оси водоема, на две главные части: восточную и западную. Преобладают возвышенные каменистые берега с выходами коренных пород. Озеро бедно притоками. Через короткий проток, прегражденный плотиной, в Кончезеро поступает вода из расположенного севернее Пертозера. Сток осуществляется через Косалмский проток в озеро Укшезеро.
В Кончезере обитает 16 видов рыб. Промысловое значение имеют сиг, корюшка, щука, плотва, уклея, окунь, ерш и налим. Реже встречаются лещ, голец, подкаменщик, колюшка трехиглая и очень редко хариус, форель (ручьевая и озерная), язь и красноперка.
Укшозеро короче (14 км), но шире (4 км) предыдущих озер. Глубина равна кончезерской, имеется 14 островов. Озеро состоит из двух водоемов: собственно Укшезера (33,64 кв. км) и Сургубы (11 кв. км). Оба водоема связаны проливом; имеют удлиненную неправильную форму, приближающуюся к эллипсу.
Береговая линия Укшозера мало развита, заливы выражены слабо (за исключением Намоевской губы). Почти все острова расположены в северо-западном районе Укшозера; в. Сургубе островов нет. Берега преимущественно высокие и крутые, чаще всего каменистые и каменисто-песчаные. Низкие, заболоченные берега выражены только в южном конце Укшезера. Почти на всем протяжении берега озера покрыты. древесной растительностью с подлеском из молодых зарослей. ольхи, рябины; местами по берегам расположены луга.
Озеро почти лишено притоков. Питание озера происходит через Косалмский проток (длина около 100 м), связывающий Укшезеро с вышележащим о.Кончезером. Укшезеро небольшим протоком в южной части соединяется с р.Шуей. Водосборная площадь озера включает всю систему кончезерских озер (Мунозеро, Долгая ламба, Пертозеро, Габозеро, Кончезеро, Гомсельгское, Галлезеуо, Ангозеро).
В Укшезере насчитывается около 20 видов рыб. Из них заходят периодически по р. Шуе лосось, озерная форель, шуйский сиг и хариус; местные рыбы: ряпушка, рипус, сиг, снеток, щука, плотва, язь, красноперка, уклея, лещ, голец,, щиповка, налим, трехиглая колюшка, окунь, ерш и подкаменщик.
Еще в 1935 году в озеро был подсажен ладожский рипус, встречающийся ныне в небольшом количестве в уловах, а в 1954 году выпускались личинки байкальского омуля. В ручьях и речках, впадающих в озеро, встречаются: в небольшом количестве ручьевая форель и ручьевая минога.
Между восточным берегом Укшозера в его северной половине и западным берегом Кончезера в его южной части пролегла узкая (от 100 до 500 м) скалистая гряда, по которой проходит автодорога. По дороге проходит туристский маршрут из Петрозаводска на первый русский курорт и музей "Марциальные воды", в заповедник "Кивач", город Кондопогу.