Крупные карельские озера связаны протоками и реками. Их также много, как и озер - около 27 тысяч, при общей протяженности 83 тыс. км. Длина большинства рек, тем не менее, не превышает 10 км, а самые крупные из них - Кемь, Суна, Шуя - протянулись на 260-360 км.
К бассейну Белого моря относятся речные системы средней и северной частей республики. Главные реки - Выг и Кемь, несколько меньшие по протяженности Воньга, Шуя, Поньгома, Кузема, Сиг, Кереть (Карельский берег), а так же Сума, Вирма, Колежма, Нюхча (Поморский берег). К бассейну Балтийского моря принадлежат реки, впадающие в Онежское и Ладожское озера: Суна, Шуя, Олонка, Видлица, Тулемайоки.
Наибольшую протяженность имеют системы рек Водлы (около 400 км) и Кеми (примерно 360 км). Значительная высота водораздела определяет большое общее падение главных рек Карелии (Суна - свыше 300 м, Кемь - свыше 200 м; у других крупных рек оно составляет 110-170 м). Реки северной Карелии носят характер горнотаежных, изобилуют порогами.
Большое количество и разнообразие препятствий в руслах рек в сочетании с различной степенью водности и сложности в прохождении, делают карельские реки весьма популярными среди водных туристов. Здесь не трудно подобрать маршрут любой категории сложности. Всероссийской известностью у байдарочников пользуются реки Шуя, Водла, Чирка-Кемь и многие другие.
Но далеко не все препятствия на реках проходимы даже в высокую воду. Их приходится обносить по берегу, поэтому всегда требуется предварительное знакомство с маршрутом или консультация с местными жителями.