Формирование современной (послетретичной) фауны рыб карельских водоемов началось после того, как стал таять и отступать на северо-запад ледник, покрывавший в четвертичном периоде всю территорию Карелии, то есть не, более 10 - 15 тысяч лет назад.
Заселение ее рыбами происходило преимущественно со стороны Балтики. Позднее, когда образовались реки Нева и Свирь, продолжалось заселение рыбами карельских водоемов и этим путем. Так происходило проникновение рыб в озера и реки преимущественно южной и средней Карелии.
Водоемы северной Карелии заселялись главным образом с запада фауной бассейна северной части Ботнического залива Балтийского моря. Оттуда рыбы могли проникать в озера Карелии по соединявшимся в раннее послеледниковое время (а в настоящее время разобщенным) речным и озерным системам Ботническо-Беломорского перешейка. Этим объясняется и тот факт, что в озерах северной Карелии, относящихся в современную эпоху к бассейну Белого моря, широко распространены балтийскоморские сиги, ряпушки и корюшки.
Заселялись карельские водоемы и ледовитоморской фауной. В Белое море проник сибирский сиг пыжьян, давший здесь особую форму - пыжьяновидного проходного сига. В ряде озер северной Карелии этот сиг образовал местные (жилые) формы. Обитающая в прибрежной зоне Белого моря и входящая на нерест в реки корюшка тоже относится к ледовитоморскому подвиду этой рыбы. Некоторые озера заселены ряпушкой и корюшкой, соединяющими в себе признаки балтийскоморских и ледовитоморских подвидов. Это указывает на то, что в прошлом имелись условия для заселения одних и тех же водоемов рыбами из бассейнов обоих морей, в результате чего происходило их смешение.
Характерно наличие в Онежском озере и Сегозере бычка-рогатки, родственного беломорскому четырехрогому бычку. Эта рыба так же, как и реликтовые ракообразные, сохранилась в Онежском озере и Сегозере с того времени, как они соединялись с Белым морем. Бычок-рогатка есть и в Ладожском озере, но здесь он имеет большее сходство с рогаткой Балтийского моря.
В межледниковое и послеледниковое время были эпохи и с более мягким климатом, чем теперь. Тогда происходили миграции теплолюбивых южных рыб на север. Редко встречающиеся сейчас в озерах Карелии голавль, красноперка, пескарь, синец, чехонь, сом и некоторые другие рыбы являются мигрантами из южных водоемов. Эти рыбы могли проникать в озера Карелии не только из бассейна Балтийского моря (через Ладожское озеро), но и из бассейна верхней Волги, в частности, через существовавшее раньше соединение Шексна - Ковжа.
Вероятно, таково же происхождение и стерляди, изображение которой, сделанное неолитическим человеком (около 5 тысяч лет назад), сохранилось на скале около мыса Бесов Нос (на восточном берегу Онежского озера). Но сейчас местных осетровых рыб в Онежском озере нет. Стерлядь, которую иногда вылавливают в р.Шуе и Петрозаводской губе, завезена в 1954 г. из Северной Двины.
Таким образом, современная фауна пресноводных рыб Карелии сформировалась путем заселения ее водоемов рыбами, свойственными бассейнам трех морей: Балтийского, Ледовитого и Каспийского (верхняя Волга).
Основная особенность ихтиологической фауны Карелии— изобилие лососевых. В этом заключается исключительная рыбохозяйственная ценность карельских озер.