Далеко за пределами Карелии известна изумительная по своей красоте деревянная Ильинская церковь на острове Малый Колгостров, что на Водлозере. В «Сотной грамоте письма и меры» Микулы Тяполкова остров, на котором чуть позже был основан Ильинский погост, поименован Мал островом. В грамоте также указано, что там имелся сенокос, остальная часть острова была каменистой, непригодной для возделывания земледельческих культур или сенокоса. Именно наличие свободной, незанятой крестьянским поселением земли, способной прокормить церковный причт, состоявший обычно из 3 семей (священника, дьякона и пономаря), видимо стал причиной тому, что крестьянская община выделила его под погост, на котором со временем была построена Ильинская церковь, а также дома причетников, обустроено церковное кладбище. На чьи средства строилась первая церковь на Малом Колгострове, не известно, но сгорела она уже через 10 лет, в 1592 г. Согласно «Жалованной» грамоте Новгородского митрополита Варлаама. Сразу после пожара прихожанам Водлозерской волости Каргопольского узда дана была на два года судебная и церковная льгота (по платам за суды и за требы). За счет этих средств местному старосте Угримке Гаврилову было поручено отстроить на старом месте новую церковь. Вторая церковь тоже погибла от пожара. Третья шатровая церковь XVI века, строителем которой, и одновременно основателем Ильинского тогда ещё монастыря был, по преданию, старец Демьян, на Ильинском погосте просуществовала до 1798 г., когда в виду ее ветхости была разобрана и возведена та, что стоит и ныне. Позже, уже в XIX веке к Ильинскому храму прирубили колокольню – шатровую, но во время ремонта 1902 г. её завершение заменили более «модным» в то время круглым плафоном с небольшим шпилем. Церковь на острове Малом Колгострове, хоть и именовалась Ильинской, была техпрестольной. К началу ХХ века она располагала не только престолом Святого Пророка Илии, но и престолами в честь Успенья Пресвятой Богородицы (праздник 28.08 н.ст.) и Василия Великого Кесарийского (праздник 14.0.8 н.ст.).
В 1905 г. на Ильинском погосте к югу от бревенчатой ограды, окружающей церковь и погосткое кладбище, имелось 2 дома, в которых проживали 15 человек. До революции 1917 г. был построен еще один дом и избушка церковного сторожа, но уже в 1928 г. Ильинская церковь советскими властями была закрыта. В краеведческой литературе, вышедшей до 1917 г, указывается, что Ильинский погост на Водлозере начал свое существование, как монастырь. Если это действительно так, то просуществовал он, скорее всего, до 1764 г., когда Екатерина II выпустила указ о изъятии монастырских земель в казну и введении штатов монастырей. Возможно, свою роль в истории монастыря сыграли и старообрядцы – по данным летописей Выговской пустыни на Водлозере они владели рыбными ловлями. Но более верным представляется, что погост создали в XVI в. монахи, шедшие на Соловки. Впервые сведения о нем встречаются в «Жалованной грамоте» Новгородского Митрополита Варлаама, выданной водлозерам в 1592 г.
На рубеже XIX—XX веков памятник был обновлен, колокольня лишилась своего шатра — вместо него был поставлен приплюснутый «полукумпол» со шпилем. Колокольня была обшита тёсом. Были обшиты досками потолки и стены церкви. Основой при строительстве служил разработанный профессиональными архитекторами и утвержденный Олонецкой консисторией проект. В 1902г. внешний вид церкви был изменен. Она сильно отличается от других построек этих мест и больше похожа на каменные постройки, и, прежде всего – на пятиглавые храмы с маленькими куполами, каких немало возводилось на Руси.
Почти все северные монастыри и погосты были раньше окружены оградами. Есть она и у Ильинского погоста. Высота стены невелика, но внушительные ворота и могучие свесы кровли придают сооружению сходство со старинной крепостью. Она укреплена бревенчатыми срубами и крыта двускатной кровлей. Эта ограда послужила образцом при возведении ограды Кижского погоста. В ограде были устроены лавки, где крестьяне и купцы торговали по праздникам и в ярмарочные дни. Вероятно, праздничная торговля была прибыльной, поскольку на соседнем о.Колгостров были оборудованы обширные складские помещения для купеческих товаров. Ильинский погост был религиозным и административным центром Водлозерья. На небольшом острове жили священник, дьякон, да причетники храма. Еще селились сирые и убогие, инвалиды и бессемейные: одинокие вдовы и отставные солдаты. Погост жил своеобразным «приходским монастырем» на содержании озерных крестьян. Других кладбищ в деревнях не было. В 1932 г. последний священник был репрессирован. После репрессирования последнего священника в дома на погосте вселились другие водлозеры, но вдова священника прожила в своем доме до самой смерти в 1969 г. Она, как могла, берегла церковное имущество и книги. Имущество же пострадало еще в годы Гражданской войны. Церковный сторож в 1920 г. лично сжег все самые старые иконы, хранившиеся в помещении под церковью, возраст которых превышал возраст основания церкви. Иконостас церкви был большей частью вывезен в советское время в Петрозаводск, сохранен в фондах Музея изобразительных искусств. Церковные книги сохранить не удалось. (по материалам научного архива НП "Водлозерский")
И лишь в 1991 г. с созданием на этой территории национального парка началось его возрождение. С октября 2001 г., по благословению архиепископа Карельского Мануила, на Ильинском острове возобновлена Водлозерская Ильинская пустынь. Первым ее настоятелем стал иеромонах Нил. А 23 декабря 2006 г. решением Священного Синода на Ильинском погосте был учрежден мужской монастырь – Свято-Ильинская Водлозерская пустынь. Ее настоятелем назначен иеромонах Киприан (Грищенко). В новообразованном монастыре службы совершаются в древнем храме Илии Пророка на Ильинском погосте. Чтобы у местных жителей и гостей Водлозерья была возможность помолиться Богу, по воскресеньям в пустыни с 10 часов служится Божественная литургия.
