Деревня Куганаволок расположена на возвышенности в северной оконечности полуострова Куганаволок. На русский язык название деревни обычно возводится к прибалтийско-финскому «куга» (судак), т.е. название переводится как «Судачий полуостров». По семейным преданиям жители Куганаволока причисляли себя к русским первонасельникам Водлозерья. Поселение якобы было основано «беглыми новгородцами», которые первыми распахали на холме землю и посеяли рожь, разживались "с одной ложки (вариант – горсти) ржи".
Впервые поселение на месте современного Куганаволока указано в Писцовой книге 1563 г. Деревня на Кух-наволоке (1 двор, а в нем Дениско Патрикеев) принадлежала в новгородский период истории Ксении Никитичне Есиповой (жене боярина Есипова). На сенокосных угодьях деревни заготавливалось 50 копен сена (на 25 лошадей или коров). Разработать столь обширные площади леса под сенокосы могли только несколько поколений однодворной деревни. Так что Большой Куганаволок, действительно, достаточно раннее славянское поселение Водлозерья. В Писцовой книге 1582/83 г. поселение именуется деревней на Куганаволоке Дениско Патрикеева (2 двора, а в них Дениско Патрикеев и Максимко Игнатов). В Писцовых книгах 1617/18 и 1678 г. деревня зовется – Кигнаволоком, а в книге 1646/47 г. – Кильнаволоком. Окончательно название Куганаволок за поселением закрепляется только с 1725 г. Население Куганаволока, состоящее из потомков Дениса Патрикеева во времена польско-литовского нашествия частично сменилось. В Писцовой книге 1617/18 г. указано, что 2 двора коренных крестьян стоят пустые («крестьян убили немцы в Разоренье»), зато в деревне добавилось 2 двора семейных крестьян («пришли ново») и 2 двора одиноких крестьян «бобылей», что тоже «пришли ново». Во времена возникновения раскола на Руси и голода второй половины 1670-х г. в Куганаволоке произошли существенные изменения. В Писцовой книге 1678 г. (т.е. в год окончания Соловецкого восстания) в деревне значилось 6 дворов и 6 крестьян, при чем 3 двора стояли пустыми, хозяева которых по версии писца «сошли безвестно от хлебной скудости» в 1675/77 г. Годы голода и неурожаев действительно тогда следовали в Водлозерье один за другим с незавидным постоянством. В ХУШ веке по народным преданиям Старый Куганаволок являлся одним из оплотов старообрядческой общины Водлозерья. В 1725 г. в Старом Куганаволоке имелось 3 крестьянских двора, и в них проживало 17 душ мужского пола.
В качестве административного центра Большой Куганаволок выделился только в 1803 г., когда с Пречистенского погоста с острова Пога в Куганаволок было перенесено волостное правление Водлозерской волости Пудожского уезда Олонецкой губернии. В 1873 г. в поселении имелось здание волостного правления, обывательская изба (т.е. дом приезжих), продуктовая лавка, казенка (винный магазин), в 16 домах проживало 112 душ обоего пола. К 1905 г. здесь дополнительно появилось здание земской школы, а в 22 дворах проживало 113 человек, из которых 13 человек (члены семей волостного писаря, лесничего, земского учителя) не принадлежали к крестьянскому сословию. С 1927 г. Большой Куганаволок приобрел статус административного центра Куганаволоцкого сельского совета Пудожского района Карельской ССР, одного из четырех сельских советов Водлозерья. В 1960-х г. Большой Куганаволок стал центральной усадьбой совхоза «Водлозерский», в которую свозили население из «неперспективных» деревень, начиная уже с 1956 г. В поселении было построено крупное по сельским меркам социалистическое предприятие – Рыбозавод. В силу этого численность населения в нем значительно возросла (до 500 человек в 1993 г.), поселение стало «гнездовым», состоящим из нескольких «концов», как-то: Качнаволок, Старый Куганаволок, Берег (или Ручей), Реболахта, Рыбозавод, Пески. Часть поселения, где по стечению обстоятельств осели выходцы из других деревень с «птичьими» фамилиями, получила название Птичий городок. Имелась часовня, посвященная святому Николаю Чудотворцу Мирликийскому. Праздник Николы (Весеннего – 6.05 и Зимнего – 19.12 н.ст.) был часовенным праздником деревни, а праздник Фрола и Лавра («Хролы» – 31.08 н.ст.) – заветным, отмечать который стали после избавления от эпизоотии на лошадей и домашнюю скотину. (по материалам научного архива НП "Водлозерский")
В настоящее время деревня Куганаволок является административным центром Водлозерья, здесь же расположен Водлозерский филиал национального парка «Водлозерский».
