Озеро Паанаярви лежит среди скальных вершин северо-западной части Республики Карелия, у российско-финляндской границы, в глубоком ущелье, которое возникло более полутора миллиардов лет назад вследствие подвижек земной коры. Ледники закруглили вершины окружающих озеро гор.
Паанаярви - одно из глубочайших малых озер Фенноскандии (128 м). Вершина находящейся рядом горы Мянтютунтури возвышается над дном озера на 542 м.
Озеро питают реки Оуланкайоки и Куусинкийоки, берущие начало на территории Финляндии, в коммуне Куусамо.
Река Оланга соединяет Паанаярви с крупнейшим в районе озером Пяозеро. Каждое лето кумжа (Salmo trutta), ценнейшая из лососевых рыб парка, преодолевая пенящиеся пороги, поднимается по реке к прозрачным стремнинам в верховьях, где осенью на каменистом дне мечет икру. Путь кумжи пролегает мимо поросших елью пойменных лугов, сосняков, растущих на песчаных грядах, вдоль сопок, покрытых карликовой тундровой растительностью. В этих лесах обитают бурый медведь (Ursus arctos), северный лесной олень (Rangifer tarandus fennicus), лось (Alces alces), выдра (Lutra lutra) и другие жители тайги. По берегам можно встретить следы заброшенных финских и карельских поселений. Теперь все это находится на территории национального парка "Паанаярви", образованного в 1992 году и занимающего площадь 104 371 га.