Нынешняя Никольская церковь появилась в деревне Вегорукса приблизительно в XVII – XVIII вв., сменив более ранние постройки. Ее маленькая глава, пятигранная аспида и обширная трапезная типичны для заонежского зодчества. Однако нигде в Заонежье нет столь внушительной мощной звонницы. Она господствует над церковью, и именно благодаря ей церковь приобрела значение маяка, видного за много километров.
Церковь рублена из сосновых бревен, снаружи обшита профилированной доской. Представляет собой клетскую церковь, сблокированную с колокольней. Первоначально это была двухчастная клетская часовня и отдельно стоящая колокольня, соединенные переходом. В 1889 году часовня была преобразована в церковь. В настоящее время к более высокому срубу храма примыкают мятигранный алтарь и трапезная, соединенная переходами с трехъярусной колокольней типа "восьмерик на четверике". С запада к колокольне пристроено открытое крыльцо с основанием в виде сруба и навесом на столбах. Декоративное убранство предствалено красным тесом полиц шатра и восьмерика, резным поясом колокольни, причелинами крыльца, пилястрами, прикрывающими углы и перерубы (по материалам сборника "Православные памятники Заонежья").
Интерьер церкви поражает блеском, великолепием, декоративной нагруженностью. Резной иконостас и царские врата сверкают позолотой. На стенах много икон, "небо" украшено росписью, органично сочетающейся с простыми деревянными стенами.
В помещении Никольской церкви нашли несколько древних икон XIV – XV вв. Они размещались не в большом иконостасе, а на стене трапезной. Вероятно, эти иконы остались от более ранних здешних церквей, и их перенесли в новую постройку. Самая ранняя из икон – "Апостол Петр", написанная в XIV или в начале XV в. местным мастером. Среди обнаруженных произведений есть и работа новгородского художника XV в.: икона с изображением Богоматери и трех святых. Она составляла среднюю часть небольшого трехстворчатого складня, какие в старину, видимо, брали с собой в дорогу. Она могла быть привезена сюда еще в "новгородское" время.
